Para atender as suas finalidades e por não ser uma Unidade de Ensino, o CEB possui uma estrutura diferenciada das demais unidades da UFBA. O seu objetivo é estimular e coordenar trabalhos experimentais inter e transdisciplinares, uma vez que não possui um corpo de pesquisa. Deste modo, não possui também laboratórios. Pretende ter uma atividade aberta a pesquisadores e estudiosos com projetos que se relacionam a temas de seu interesse, os quais podem ser brasileiros ou estrangeiros, com ou sem nível universitário, pertencentes ou não ao quadro da UFBA. O CEB também recebe professores visitantes durante o período de um ano, professores Honorários e coordenadores de pesquisas.
O Conselho Deliberativo do CEB é a instância decisória máxima e é composto por cinco integrantes: O (a) diretor(a) do Centro de Estudos Baianos, um representante do Conselho Estadual de Cultura, o(a) Diretor(a) da Biblioteca Central, um representante do Departamento de História da Faculdade de Ciências Humanas-UFBA e um estudante do corpo discente do Diretório Central dos Estudantes da UFBA. Entre outras atribuições, cabe ao Conselho aprovar a programação do CEB, elaborar sua proposta orçamentária, aprovar as propostas de realização de atividades de curso extensão, seminários, simpósios, encontros e deliberar propostas de convênios com outras instituições.